Protégée par ses guerriers insulaires, l’île résista à la colonisation jusqu’à ce qu’elle soit conquise par la France en 1888. En 1946, la Polynésie, comprenant les îles de l’archipel de la Société, devint un territoire d’outre-mer de la France. En 1958, elle devint la Polynésie française.
Les États-Unis découvrirent Bora Bora au cours de la Seconde Guerre Mondiale. L’armée américaine utilisa l’île comme base de ravitaillement en réponse à l’attaque sur Pearl Harbor en décembre 1941.
Les 5000 soldats installèrent un camp de défense sur la côte pour se protéger contre l’éventualité d’une attaque surprise par le Japon. Ils construisirent également la route qui longe la côte et le premier aérodrome sur Motu Mute.
La renommée internationale de Bora Bora s’est développée au fils des années grâce aux artistes, écrivains et navigateurs. L’écrivain américain Herman Melville écrivit plusieurs récits sur la vie polynésienne en 1846 et 1847.
Dans les années 1890, l’artiste français Paul Gauguin publia un livre illustré sous le titre de Noa Noa, racontant l’histoire des Areori qui habitaient sur Bora Bora, et la création de Noa (parfum), comme le premier miracle des dieux.